Sonderprojekte zwischen Bayern und Georgia
Bioinformatics
Technische Universität München
Biomedical Engineering
Georgia Institute of Technology
Wissensdatenbank von Genen und Proteinen von kompletten mikrobiellen Ökosystemen
Das jüngste Aufkommen der Shotgun-Sequenzierung von DNA-Molekülen, die aus mikrobiellen Gemeinschaften isoliert wurden, führte zu einer Revolution in der Erforschung der mikrobiellen Welt. Wir schlagen ein kollaboratives Projekt zur Entwicklung einer Wissensdatenbank für Gene die in Metagenomen angesiedelt sind und den Proteinen die in diesen Genen kodiert sind vor. Gene, die mit Hilfe der an der Georgia Tech entwickelten „GeneMark“-Software vorhergesagt wurden, werden durch eine bioinformatische Pipeline annotiert, die zwei fest integrierte Programme enthält, die an der Technischen Universität München entwickelt wurden. Die SIMAP-Datenbank, die derzeit die vorgerechneten Sequenzähnlichkeitsnetzwerke von 17 Millionen Proteinen zur Verfügung stellt, wird erweitert, um die Metagenom-Proteine einzubinden. Die PEDANT-Softwaresuite wird dann zur Ausführung vollständiger, funktionaler und struktureller Charakterisierungen von Genprodukten verwendet und stellt diese Annotationen im Internet zur Verfügung. Das Projekt wird zur größten öffentlich verfügbaren Quelle von funktionalen Informationen metagenomischer Sequenzen werden.